Jun 6, 2018 · 一般而言，我们环境微生物组学常用的，也是认可度比较高的测序区域是v3-v4，v4-v5，或者单测v4区。 那不同的测序区域对于我们的数据结果有什么影响呢？

Jul 24, 2024 · Seurat V5和 V4 同时安装，以及互相转换. 既有之前分析的V4版本seurat对象又想要V5版本的功能等等，需要V4 V5同时使用的情况下，如何正确安装以及使用呢： 一：已有V4/V5的seurat，再安装V4/V5 以下展示已有V4，安装V5

Jul 24, 2024 · 在 Seurat v5 整合工作流程中，相比起 v4，开发团队引入了 Layer 数据结构， 并且工作流程从代码/可用性角度进行了简化，但 v5总体步骤与v4工作流程相同。

不过从官网的介绍看起来，两个版本的变化也不是特别大，而且 V4中的seurat函数和工作流继续在v5中工作. 目前seurat包已经是更新到5.0.1的版本了，官网上对更新的内容和基本分析流程也都有介绍，那我们来看看V5版本的seurat对象都有哪些更新吧。 在V5版本中多了layers结构，将counts、data以及scale.data归类到layers结构下. For example, these layers can store: raw counts (layer='counts'), normalized data (layer='data'), or z-scored/variance-stabilized data …

Nov 7, 2024 · 我们额外选取了两个10x小鼠脑单细胞转录组数据集，来测试V4与V5在数据整合上的差异。 V4使用IntegrateData函数进行多样本的整合，整合前单样本的数据需要完成标准...

v4-v6（长度：540bp+）适用于454平台或ion s5系列测序平台，结果与16s rrna基因全长结果接近。 （yang b, et al. 2016） 注意： 1. ion s5系列测序平台，目前可以测长片段，因此本人仅仅按照其长读长范围进行分类归类，不代表短序列该平台不能完成测序，若有需求可咨询 ...

Jun 23, 2024 · 本文介绍了如何在Seuratv5中处理由v4创建的文件，重点讲解了两者之间的对象转换、数据结构变化、整合流程、差异表达分析和SCTransform更新。 虽然官网未提供直接转换工具，但通过GitHub找到了解决方案，强调了问题解决的思路和方法应用。 我直觉告诉我不要重新生成，肯定有简便方法。 支持更多种类的检测和 数据类型，包括磁盘上的矩阵。 引入了分层结构来存储数据，例如原始计数、标准化数据和 z 得分/方差稳定数据。 可以使用 $ 访问器或 …

Feb 16, 2021 · Each primer set revealed higher internal diversity within certain bacterial taxonomic groups (e.g., the class Bacteroidia by V3-V4, and the phylum Planctomycetes by V4-V5). However, the V4-V5 primer set provides concurrent coverage of the archaeal domain, a relevant component comprising 10-20% of the community in Arctic deep waters and the ...

叶绿体/线粒体潜在污染较为严重的样本可考虑v5-v7区引物。 V3-V4和V4-V5适用性比较广。 若关注双歧杆菌时，可优先考虑V3-V4，关注海洋细菌SAR111时可优先考虑V4-V5。

Mar 11, 2025 · These are the previous versions of the repository in which changes were made to the R Markdown (analysis/seurat_v4_vs_v5.Rmd) and HTML (docs/seurat_v4_vs_v5.html) files. If you’ve configured a remote Git repository (see ?wflow_git_remote), click on the hyperlinks in the table below to view the files as they were in that past version.