再说一下fpkm，这个标准化方法吧，一般公司都在用，像诺禾至源这些，但是你要是用这个东西做定量也是过时了，因为这玩意没办法在样品间做比较，只能在样品内做比较，比如，你可以说在liver样品中gene1比gene2表达高，但你不能讲liver样品中的gene1比spleen样品 ...

2013年5月16日 · I agree that lowly expressed genes can be important, however STILL TO ME IS IMPORTANT TO UNDERSTAND IF A FPKM < 0.0001 HAVE ANY SENSE. Example: you have two situation (A and B) with 3 replicate each and for a low expressing gene you get the following FPKM: A1: 0.00001 A2: 0.000012 A3: 0.000015 and B1: 0.001 B2: 0.0012 B3: 0.0015

2020年8月28日 · fpkm 是通过rna-seq测转录组得到每个基因表达量水平，它是一个覆盖整个生物体的某个组织所有能表达出来的基因的表达量，你可以当成是测了整个基因组的基因表达量水平，当然也有一些基因是组织特异性或者其他原因，没有表达出来，所以测出来的fpkm 值会很 ...

简而言之，fpkm表示基因表达量。 你提供的图展示了你的样品里不同表达量的基因的频数分布。 比如，你的第一个样品表达量fpkm在10以上的基因有8842个。 高fpkm水平的基因表示在样本中具有较高的表达水平，可能是关键基因或者活跃的功能基因。

2010年4月5日 · 1. New released 1.3.0, after Cuffcompare, FPKM column contains all 0, missing FPKM values even tracking files have them; 2. in all the versions of CuffDiff, if you compare different conditions against the same control samples, the FPKM in the same control samples in different comparing is different; for example,

2012年10月17日 · Yes, I calculated the FPKM with cufflinks. It's actually only two samples. I was afraid that I might need a very powerful significance test, but my department head actually just suggested doing a Poisson Test -- taking the lower expression of a single gene, calculating the Poisson parameter, and finding the likelihood of the larger expression of that gene.

纵坐标是FPKM的log值。有些基因的FPKM值比较大，看上去不直观，所以取对数，更方便查看。从图上看，两个处理中50%基因的log10（FPKM）都就集中在大于0.8-1.8之间（这个数只是大概，纵坐标没有给出具体数值），平均log10（FPKM）大于1小于1.5的位置。

2022年1月21日 · FPKM: FPKM的全称为Fragments Per Kilobase Million，Fragments Per Kilobase of exon model per Million mapped fragments(每千个碱基的转录每百万映射读取的fragments)。通俗讲，把比对到的某个基因的Fragment数目，除以基因的长度，其比值再除以所有基因的总长度。

最后得到的fpkm就是一个向量，每个元素对应一个基因的FPKM值。需要注意的是，由于FPKM值是相对定量的，因此不同样本之间的FPKM值不能直接比较。需要使用基因表达差异分析方法，如DESeq2或edgeR等包，来进行差异分析。 具体的分析原理及流程可以参考：

2024年11月1日 · expr_fpkm就是经过FPKM转换的数据集（但是目前还不能直接用，是因为除了差异分析之外，基本所有的分析点用到的数据集都是log2（）处理的，这是因为纯fpkm值有的会很大，不同分析点在计算的时候可能会由于个别值特别大会导致较大的误差，因此要通过log2处理。