ATAC-seq与ChIP-seq calling出来的peak代表的意义是不同的: ChIP-seq 是用目的蛋白的抗体去拉蛋白，进而把目的蛋白结合的DNA片段也拉下来，然后把 DNA 片段映射到基因组，在基因组上的结合位置就会有DNA 片段堆叠，将这些DNA片段堆叠用柱状图画出来，就会得到所谓的Peak ...

2020年11月30日 · ATAC-Seq peak 较小应设为 100 或更小。 参数 bRemoveDuplicates 移除重复 reads. 但一些情况下软件计算的重复并不准确，比如双端测序，为了准确计算需要设置 bUseSummarizeOverlaps 参数为 TRUE.

RNA-seq：ATAC-seq数据可以通过联合分析RNA-seq数据来发现哪些差异表达的基因是受染色质可及性调控的，进一步可以推测这些差异表达的基因哪些是受开放染色质中具有motif和footprint的转录因子调控的，因此ATAC-seq与RNA-seq的联合分析有助于破译基因调控网络和细胞异 ...

ChIP-seq和ATAC-seq在TF或者Tn5结合区域都会形成一个双峰的reads结合模式，但在判断peak的时候，会有不同的标准。 chip-seq是由于TF一起沉淀下来的DNA fragment一般会大于TF的结合区域，read的位置并不是真实的TF结合的位置，需要向内shift；而ATAC-seq也需要shift，但一般是 …

Peak Calling. Peak calling即利用计算的方法找出ChIP-seq或ATAC-seq中reads富集的基因组区域。 如下图所示，比对结果的文件中reads在正负链不均匀分布，但在结合位点聚集。

2023年1月1日 · 【ATAC-Seq 实战】五、peaks、motif注释. 这里是佳奥！新的一年，ATAC-Seq的学习也进入了尾声。 让我们开始吧！ 1 peaks注释. 统计peak在promoter，exon，intron和intergenic区域的分布

对于甲基化相关酶基因敲除、过表达等实验，peak峰图可用于验证目标基因敲除/过表达的效果。 有了peak峰图的辅助，我们的研究才真正算是从整体分析过渡到单基因层面的分析。

2023年11月23日 · Peak calling即利用计算的方法找出ChIP-seq或ATAC-seq中reads富集的基因组区域。 如下图所示，比对结果的文件中reads在正负链不均匀分布，但在结合位点聚集。

2022年12月30日 · MACS利用此参数重新分析信号谱，解析每个peak中包含的subpeak。 对相似的结合图谱，推荐使用此参数，当使用此参数时，输出的subpeak会有相同的peak边界，不同的绩点和peak summit poisitions.

2025年2月27日 · 之前我们给大家介绍了两篇ATAC-Seq数据分析pipeline的优秀综述：综述：ATAC-Seq 数据分析工具大全 和 Omni-ATAC：更新和优化的ATAC-seq协议（NatProtoc），我们今天就来实战介绍！ ... 然而，对于peak calling，reads的偏移可能并不是非常重要，因为这只是一个非常微小的调整 ...