cp2k运行AIMD设置NVT系综体系温度仍然持续升高问题 - 第一性原 …
本帖最后由 zaq1 于 2024-12-26 14:42 编辑 大家好，我用cp2k进行AIMD模拟。设置了NVT系综，但是看运行过程中体系的温度依旧持续升高，是因为我初始体系结构优化不合理吗，我试着解决这个问题，想着用退火，初始设置0.5fs，逐渐升高温度，达到300K就停止加温度，并持续到模拟结束，这个方法合理吗 ...
使用ORCA做从头算动力学 (AIMD)的简单例子 - 量子化学 …
Dec 13, 2020 · • restart ifexists这句被注释掉了。如果你的AIMD想续跑，且当前目录下有之前跑出来的与当前任务同名的后缀为.mdrestart的文件，可以取消注释，任务就会延续之前AIMD最后的状态续跑，新轨迹会在原有轨迹文件后面续写。 • minimize这句被注释掉了。
白手起家想做AIMD计算，有没有推荐的性价比高的软件？ - 量子 …
Dec 10, 2021 · cp2k也可以做非周期性的aimd计算，但是这样还得加盒子，相比起orca、xtb之类的程序跑aimd就划不来了。 我不清楚你的单体聚合形成物指的是哪种结构，假如是两个反应物分子发生聚合形成聚合物这样的反应做AIMD那肯定是ORCA好。
CP2K模拟LiPF6电解液体系AIMD温度不合理 - 第一性原理 (First …
Feb 24, 2025 · 常温下3 ps的aimd轨迹数据作为训练集太少了，不足以从构型中得到相互作用势的完整描述，后续模拟很容易出现原子的异常团聚导致模拟崩溃（参考这段介绍）。我也在lammps模拟的轨迹中观察到过这种现象，“温度奇高”算是体系出问题的症状之一而不是原因本身。
cp2k对300原子体系做aimd计算时速度极慢 - 第一性原理 (First …
Feb 17, 2025 · 但凡看看培训里讲AIMD模拟的巨量例子的输出文件中的运行时间也会轻易知道当前耗时的情况完全离谱。区区300个原子，那么多核的服务器两个礼拜起码都跑150ps了。
使用cp2k用AIMD模拟HMX分子弛豫过程模拟温度与设置温度不一 …
Nov 28, 2024 · 老师，我用cp2k的AIMD做HMX的弛豫，首先做了cell-opt和geo-opt，然后把结构扩胞至211，448个原子，nose-hoover的热浴设置为300k, 进行aimd弛豫，步长0.5fs，设置共20000步，目前跑了10000步，耗时4天，单节点96node,体系温度刚开始是降到210K，9500步左右才慢慢升温到300K，然后 ...
density functional theory - Prerelaxation before AIMD with VASP ...
Feb 14, 2024 · I am investigating a bulk structure by ab initio molecular dynamics (AIMD) implemented in VASP. I was wondering, how to choose the initial geometry (= POSCAR file) to run the AIMD simulation. In the literature I saw mainly two different approaches: Using theoretical & unoptimized lattice structures, e.g. from a database like MaterialsProject.
VASP跑完AIMD之后，如何绘制某个原子的轨迹？ - 第一性原理 …
Dec 23, 2024 · 第4届北京科音第一性原理与cp2k培训班将于4月19-22日于北京举办。这是全面、完整、深入、系统性学习第一性原理计算和cp2k使用的一年一度的关键的机会，报名正在进行中，请点击此链接查看详情和报名方式，欢迎参加！
请问第一性原理MD最大可以算得动多大的体系呢？ - 分子模拟 …
Oct 4, 2024 · AIMD通常首选是免费而且超级高效的CP2K，主流双路服务器跑五六百原子纯泛函的AIMD完全没压力，属于很routine的计算（当然也看时间尺度，要跑到100ps以上那还是挺耗时的，有可能花一周以上，具体看动力学步长、基组等方面）。
大家用VASP做电催化的恒电势计算都用哪些程序 - 第一性原理 …
Dec 11, 2024 · 恒电势下跑aimd，收敛困难计算速度也很慢，不是所有课题组的计算资源都能受得了，这其中还要算上学生基本概念不明确导致乱算浪费机时的成本。 有隐式模型的时候涉及电荷密度精度，ENCUT原则上600 eV起步，现在大家都用这么三四百跑我也是没什么话说了。